병역특례제도는 정부가 지정하는 산업체 등에서 일정기간 근무하면 병역을 마친 것으로 인정해주는 제도로 1973년도에 도입되었다. 이 제도는 처음에는 방위산업체 등에 고급인력을 공급한다는 취지였으나 90년대 들어 중소기업의 인력난을 덜어주는 제도로 확대·개편되었다.

한국식품공업협회는 1993년 12월 9일 병역의무의 특례규정에 대한 법률이 개정됨에 따라 식품제조업이 병역 특례 대상업종으로 선정, 보건복지부장관이 추천하도록 되어 1994년부터 식품제조업 분야의 병역 특례 산업기능요원을 추천하고 있다.

병역특례 산업기능요원 배정업체로 지정 받고자 하는 식품제조업체는 신청구비서류를 갖추어 한국식품 공업협회에 신청하고 협회는 접수된 신청서를 취합하고 평가서를 작성하여 보건복지부에 추천, 병무청 에서 지정업체를 선정하게 된다.

추천기준은 법인기업으로서 중소기업이나 벤처기업 위주로 추천하고 수출비중이 높은 기업을 위주로 위주로 하는 것을 기본원칙으로 하고 있다. 특례자는 복무기간중 다른 일을 할 수 없으며 다른 지역으로 무단으로 파견될 수 없다.